Zgodnie z ustawą „Prawo o szkolnictwie wyższym” z dnia 27 lipca 2005 r. w Akademii Obrony Narodowej obowiązuje trójstopniowy system studiów, przewidujący przebieg kształcenia od studiów I stopnia ( licencjackich), poprzez studia II stopnia ( magisterskie), aż do rozpoczęcia kariery naukowej na studiach III stopnia ( doktoranckich ). Przyjęcie na studia w Akademii Obrony Narodowej nie wiąże się z powołaniem do służby wojskowej. Ukończenie studiów nie powoduje automatycznego uzyskania stopnia oficerskiego (uczelnia nie prowadzi kształcenia kandydatów na żołnierzy zawodowych).

Studia II stopnia w Akademii Obrony Narodowej kończą się tytułem zawodowym magistra. Uzupełniające studia magisterskie proponowane są na kierunkach: bezpieczeństwo narodowe (na Wydziale Bezpieczeństwa Narodowego) oraz zarządzanie w specjalnościach: dowodzenie, zarządzanie lotnictwem oraz zarządzanie zasobami ludzkimi i logistyka w specjalnościach: logistyka systemów gospodarczych i logistyka w sytuacjach kryzysowych (na Wydziale Zarządzania i Dowodzenia). Odbywają się zarówno w trybie stacjonarnym, jak i niestacjonarnym.

Studenci studiów magisterskich w ramach wybranej specjalności zdobywają rzetelną wiedzę obszaru bezpieczeństwa, obronności i zarządzania. Treści programowe opierają się na efektach kształcenia uzyskanych w toku studiów licencjackich, jednocześnie zawierają dodatkowe elementy, pogłębiające wiedzę w danym obszarze.

Studia uzupełniające mają na celu przygotowanie absolwentów do pracy na samodzielnych stanowiskach związanych z bezpieczeństwem narodowym i obronnością, w administracji rządowej i samorządowej oraz w strukturach służb mundurowych: Sił Zbrojnych, Policji, Państwowej Straży Pożarnej, Straży Granicznej czy Służby Więziennej. Absolwent Akademii Obrony Narodowej przygotowany do twórczego rozwiązywania problemów szeroko pojętego bezpieczeństwa; wypracowywania i podejmowania decyzji w warunkach stresu i chaosu informacyjnego; organizowania przedsięwzięć i procedur reagowania kryzysowego oraz kierowania zespołami ludzi.

Po ukończeniu studiów magisterskich, absolwenci mogą kontynuować naukę na studiach podyplomowych lub studiach doktoranckich.