Studia doktoranckie na Wydziale Bezpieczeństwa Narodowego są prowadzone w dziedzinie nauk społecznych, w dyscyplinie nauk o bezpieczeństwie.

Kształcenie na studiach trwa cztery lata, ale program studiów może być zrealizowany w ciągu trzech lat. Istnieje też możliwość przedłużenia studiów o jeden rok, w uzasadnionych przypadkach. Okresem zaliczeniowym jest rok akademicki, który trwa od 1 października do 30 września. Kształcenie zorganizowane odbywa się trzy dni w miesiącu (piątek-niedziela), w ciągu roku akademickiego. Doktoranci studiują pod kierunkiem opiekuna naukowego wybranego/wskazanego przez kandydata na doktoranta, powoływanego nastepnie przez dziekana wydziału, a po wszczęciu przewodu, pod kierunkiem promotora powoływanego przez radę wydziału. Szczegółowe warunki przebiegu studiów określa Regulamin Studiów Doktoranckich Akademii Obrony Narodowej.

Program studiów obejmuje zajęcia dydaktyczne – w początkowym okresie wspólne dla wszystkich doktorantów danego rocznika, następnie zajęcia kierunkowe w wybranych przez doktoranta modułach w jednostkach organizacyjnych Wydziału, w których doktoranci realizują przewody doktorskie, seminaria doktoranckie prowadzone przez promotorów (opiekunów naukowych). Ponadto, prowadzenie badań pod kierunkiem promotora (opiekuna naukowego) oraz indywidualną pracę badawczą i redagowanie rozprawy doktorskiej. Przewiduje się również dla studentów studiów stacjonarnych udział w procesie przygotowania i prowadzenia zajęć prowadzonych przez promotora (opiekuna naukowego) oraz samodzielne prowadzenie zajęć dydaktycznych w wymiarze określonym przez Senat AON. Kształcenie językowe prowadzone jest w formie indywidualnych konsultacji i ćwiczeń do wyboru z języka angielskiego, niemieckiego, francuskiego i rosyjskiego.

Na pierwszym roku studiów doktoranci powinni opanować teoretyczne podstawy metodologii badań naukowych, zasady redakcji rozprawy doktorskiej i uzyskać wiedzę z zakresu podstaw bezpieczeństwa. Kształcenie podstawowe z zakresu bezpieczeństwa powinno stworzyć możliwość wyboru obszaru, problemu naukowego przewidywanego do rozwiązania w formie rozprawy doktorskiej. Do końca pierwszego semestru każdy doktorant określa zakres problemowy, jednocześnie wybierając opiekuna naukowego.

W drugim roku studiów doktoranci rozpoczynają funkcjonowanie w określonych modułach zgodnie wybranym obszarem zainteresowania. Drugi rok studiów przeznaczony jest na pogłębienie wiedzy metodologicznej oraz z zakresu bezpieczeństwa ukierunkowanego na wybrany obszar zainteresowania. Do końca drugiego roku Doktoranci powinni wszcząć przewód doktorski.

Na trzecim roku studiów doktoranci powinni pogłębić posiadaną wiedzę i zastosować ją w przygotowaniu rozprawy doktorskiej. Kształcenie z komunikacji werbalnej i pozawerbalnej pozwala podwyższyć sprawność w prezentowaniu pisemnym i ustnym wyników prowadzonych badań. Drugi i trzeci rok studiów poświęcony jest również zdobyciu niezbędnej wiedzy z zakresu wymagań egzaminu doktorskiego (do wyboru z filozofii, pedagogiki lub ekonomii).

Czwarty rok studiów przeznaczony jest na ugruntowanie wiedzy specjalistycznej, przeprowadzenie badań i ukończenie rozprawy doktorskiej.