Akademia Obrony Narodowej posiada niezbędne doświadczenie i potencjał do realizacji badań naukowych oraz prac rozwojowych w dziedzinie obronności i bezpieczeństwa państwa operacjonalizujących strategię rozwoju systemu bezpieczeństwa narodowego. Badania naukowe i prace rozwojowe prowadzone w uczelni pozostają w ścisłym związku z realizowanymi przez nią zadaniami na rzecz obronności i bezpieczeństwa państwa i wpisują się w obszar jej odpowiedzialności dydaktycznej. AON, jako uczelnia wiodąca w dyscyplinach nauk o bezpieczeństwie i nauk o obronności podejmuje także w zakresie wymienionych dyscyplin tematy naukowe, które nie są powszechnie realizowane w uczelniach cywilnych z racji ograniczonego kręgu odbiorców i dostępności materiałów, często stanowiących tajemnicę państwową.

Problemy badawcze rozwiązywane przez pracowników naukowych i naukowo-dydaktycznych Akademii Obrony Narodowej wynikają przede wszystkim ze zmian zachodzących w środowisku bezpieczeństwa i obronności, ale także z potrzeb doskonalenia organizacji i różnych systemów sił zbrojnych, a także niemilitarnych systemów bezpieczeństwa oraz zasad, form i sposobów ich użycia w zróżnicowanych rejonach operacyjnych, charakteryzujących się skomplikowaną sytuacją polityczno-militarną oraz geograficzną i klimatyczną.

Na wybór głównych kierunków i tematyki badań naukowych oraz prac rozwojowych znaczny wpływ wywierają potrzeby Sił Zbrojnych RP wynikające z prowadzonych przez nie działań militarnych i niemilitarnych w różnych zakątkach świata. Naukowcy AON uwzględniają w badaniach konieczność ciągłej modyfikacji zasad, form i sposobów użycia naszych sił zbrojnych w wielonarodowych operacjach NATO, Organizacji Narodów Zjednoczonych i Unii Europejskiej. Uczelnia, wykorzystując doświadczenia zdobyte przez polskich oficerów w strukturach międzynarodowych gromadzi unikalny, analityczny materiał badawczy, który stanowi podstawę do tworzenia nowoczesnych organizacyjnie i technologicznie narzędzi dowodzenia i zarządzania w sytuacjach wojennych i kryzysowych, w sieciocentrycznym środowisku działań.

Podejmowane problemy badawcze wynikają też z przewartościowań w sztuce wojennej, będących rezultatem wdrażania nowych koncepcji prowadzenia działań militarnych i niemilitarnych bazujących na tworzeniu zdolności operacyjnych sił zbrojnych w relacji do planowanego efektu końcowego działań.  Podkreślić należy, że zarówno głęboka transformacja w zakresie koncepcji użycia sił zbrojnych, jak i wynikające stąd misja, domena oraz zadania sił zbrojnych wymagają dalszego zintensyfikowania badań naukowych w obszarach polityki bezpieczeństwa i obrony, sztuki wojennej, zarządzania kryzysowego. Badanie te będą prowadzone na użytek procesu dydaktycznego oraz w celu zaspokojenia potrzeb podmiotów systemu bezpieczeństwa narodowego, a w tym systemu obronnego państwa.

W minionych latach akademickich, zasadnicza tematyka badań naukowych i prac rozwojowych dotyczyła następujących głównych problemów badawczych:

• uwarunkowań bezpieczeństwa Polski w kontekście zobowiązań sojuszniczych, integracji europejskiej i globalizacji;
• diagnozowania stanu systemu bezpieczeństwa narodowego oraz prognozowania kierunków jego rozwoju;
• doskonalenia podsystemu kierowania systemu bezpieczeństwa narodowego;
• doskonalenia systemu zarządzania kryzysowego Polski w kontekście rozwiązań Unii Europejskiej i NATO;
• tworzenia nowych rozwiązań na potrzeby koncepcji działań połączonych oraz planowania działań w wielonarodowych połączonych operacjach wojennych i reagowania kryzysowego;
• tworzenia koncepcji użycia sił zbrojnych i ich rodzajów na sieciocentrycznym polu walki;
• doskonalenia systemów dowodzenia i rozpoznania wojsk lądowych;
• prognozowania kierunków rozwoju sił powietrznych;
• modelowania działań bojowych;
• wykorzystania systemów symulacyjnych w szkoleniu dowództw i sztabów Sił Zbrojnych RP i NATO.